Hva er en Contig?

February 28  by Eliza

En contig, kort for sammenhengende, refererer til enten en deoksyribonukleinsyre (DNA) segment, eller produktet av overlappende segmenter som danner en kontinuerlig, omfattende, uavbrutt DNA-sekvens. Ved å studere kartene over disse segmenter, er det mulig å oppdage rekkefølgen av segmenter omfattende forskjellige sekvenser, og contigs kan bli lagt til, fjernet eller omarrangert for å danne nye sekvenser. DNA contig kartlegging og biblioteker tillate forskere å identifisere justeringer som kan forårsake sykdom, gi en bedre forståelse av hvordan cellene reagerer på visse vilkår, og aktiverer evnen til å klone gunstige egenskaper i levende organismer.

Genomisk contigs er koblet til en annen av de overlappende med matchende sekvens tagget sett eller ved å matche uttrykt sekvens koder. Ved å forstå denne byggekloss prosess som brukes av baser i DNA-segmenter, kan contigs replikeres eller klonet inn ønskelige sekvenser, legge til eller fjerne mindre gunstige segmenter. Forskere vise disse sekvensene som kart på svært detaljerte, datastyrte DNA-programmer. Programmet gir en visuell oversikt over de anvendte baser for å konstruere de segmenter og segmentene som brukes til å bygge spesielle sekvenser. Ved hjelp av ulike farger, ulike contig programmer vise denne informasjonen som lav, middels og høy kvalitet sekvenser.

Contig kartlegging ofte belyser årsaker til genetiske lidelser. Williams syndrom, for eksempel, produserer multi-system symptomer hos barn, inkludert hjerte-problemer, forhøyet kalsiumnivå i blodet, og unnlatelse av å trives. Forskere oppdaget bandet slettinger som påvirker visse gener, som kan være forårsaket av upassende overlapping av contigs. En annen genetisk barndom uorden, cri du chat syndrom, produserer også flere symptomer, som hver forskere mener korrelerer med slettinger og unormal posisjonering.

Forskerne har også analysere contig sekvenser i plantearter. Hver plante inneholder sekvense unik for at anlegget, og ved å skaffe kart over enkelte plantearter, forskere oppdager lignende og varierende egenskaper som kan bidra til helse eller forverring av en bestemt plante type. Ved å analysere contig segmenter og sekvenser i sykdoms bærer organismer, kan leger bestemme egenskaper som deretter kan brukes i behandling utvikling. Kartlegging gir visuell innsikt i mulige genetiske manipulasjoner gjennom sekvensslettinger eller kloning.

Forskere kan vokse klonet DNA-prøver i bakteriell kunstig kromosom, gjær kunstig kromosom, eller i P1 eller fag kunstig kromosom media. Disse kromosomene inneholde alt fra 50 til hundretusener av baser, som kompilere contig segmenter. Etter en periode med kolonisering, blir prøvene ekstrahert ved hjelp av en sprøyte og plassert i DNA-sekvensering gel som gjennomgår elektroforese og tørker. Et autoradiograf leser prøven og fingeravtrykk sekvensene. Forskerne så skanne fingeravtrykket til en bildefil, som kan senere bli lastet inn i en contig program.