Hva er en Genome Browser?

May 23  by Eliza

En genom nettleser er et web-grensesnitt som brukes til å vise fysisk kart over et kromosom. Dette kartet viser hvor mye DNA skiller to gener, målt i basepar. Menneskelige kromosomer varierer i størrelse fra 50 millioner til over 250 millioner basepar. Et genom leseren viser skjematiske fremstillinger av hele kromosomer samt "zoomet inn" skjematisk av enkeltgener og selve baseparsekvens.

En genom nettleser tillater brukeren å rulle over et kromosom og zoome inn på visse steder. Mange genomlesere tillate brukeren å zoome inn på nivå med visning selve DNA-sekvens, selv om den virkelige nytten av en nettleser er i evnen til å vise gener i sin større sammenheng, i stedet for å vise den DNA-sekvensen på nukleotidnivå. Den gjennomsnittlige størrelsen av et gen som er 3000 basepar, slik at når zoomet inn på basepar nivå, vil brukeren se mindre enn en hel genet. Den største menneskelige genet, dystrophin, er 2,4 millioner basepar lang.

I tillegg til å vise skjematiske fremstillinger av gener, kan genomlesere også vise annen nyttig informasjon. Dette kan omfatte den del av genet som er translatert til protein, kalt mRNA og DNA-sekvenser som har andre enn som koder for protein funksjoner. Genomet leseren kan også vise hvilke segmenter av DNA som ble benyttet i prosessen med å sekvensere genomet.

Et stort antall organismer er sekvensert genomer. Det er ingen enkel nettleser som er standard til feltet av genomikk, så genomlesere kan variere mellom sekvensert genomene. Genomlesere har funksjonen av å være i stand til å søke etter gener eller sekvenser av interesse, slik at brukeren kan hoppe fra en genomisk sted til et annet. Det ville ikke være effektiv for å rulle over et kromosom for å komme til et sted av interesse, på grunn av den svært store størrelsen på de fleste kromosomer.

Noen genomnettlesere har verktøy som kalles genet sorters. Dette verktøyet viser en tabell av gener som er knyttet til hverandre. Forholdet kan være en av flere typer: sekvenshomologi, lignende uttrykk profil, eller genomisk nærhets. De bruker søker etter et gen ved hjelp av et ord eller uttrykk, velger hva slags forhold han eller hun ønsker, og genet sorter viser resultatene av søket.

  • En genom nettleser er et web-grensesnitt som brukes til å vise fysisk kart over et kromosom.
  • En genom nettleser tillater brukeren å rulle over et kromosom og zoome inn på visse steder.