Hva er en Genome database?

February 10  by Eliza

Et genom er en samling av alle de genetiske materiale til stede i en organisme. Som sekvens og struktur av denne genetiske materiale stasjoner alt av biologisk liv, forskere er svært interessert i å finne ut hva de er alt for. En genom database er en kryss-referert innsamling av informasjon om en eller flere organismer, slik at en forsker kan se på all tilgjengelig genetisk informasjon for å hjelpe ham eller henne i forskning.

Genomer er meget komplekse og inneholder milliarder av baser i sekvensen av informasjon. Elektroniske databaser, derfor er den eneste praktiske måten å organisere detaljene på ett sted. Vanligvis, disse er tilgjengelig som online databaser for vitenskapelig forskning. Et relativt nytt fagområde, kalt bioinformatikk, har dukket opp for å perfeksjonere måten kan tolkes biologiske data via datasystemer.

Databaser av genomer inneholder sekvensen av genene i en organisme hvis hele sekvensen er kjent. Ellers kan den inneholde partielle sekvenser. Den humane, mus og Drosophila fly genomer har blitt sekvensert, f.eks. Når sekvensen av et genom er kjent, kan geneticists identifisere bestemte gener i genomet. Hvert gen er instruksjonsarket for en bestemt celle produkt.

Dersom et gen som har en mutasjon, det har en annen sekvens til det normale, funksjonelt gen. Mutasjoner kan være fordelaktig og gi en nyttig egenskap i mutert organismen. De kan også gjøre noen forskjell for produktet, eller de kan være skadelig for den normale driften av organismen. Mange medisinske tilstander, for eksempel, er på grunn av mutasjoner i et bestemt gen.

Mutasjoner kan også brukes til å beregne hvor tett knyttet en bestemt art er til en annen, etter hvert som flere mutasjoner samler seg opp over tid. Individer kan også variere i genomsekvens, særlig når store deler av genomet ikke er gener og ikke kode for en hvilken som helst essensiell celleprodukt. En genom database inneholder en sekvens fra en organisme som er utpekt som en standard, men det vil være mange små forskjeller mellom den vilkårlig valgt standard og de andre individene i en art.

Til tross for nærvær av mange forskjeller, gener er gjenkjennelig gjennom sekvenser. Hvis geneticists vet hva et bestemt gen gjør i en organisme, så et gen med en tilsvarende sekvens i et annet dyr utfører sannsynligvis den samme funksjon. Genetikere kan bruke et genom database enten å identifisere et gen som de studerer eller for å finne ut hva genet gjør.

Hver genom databasen er søkbar. Vanligvis kan forskere søke i en database en av flere forskjellige måter. Vanlig, han eller hun kan legge inn sekvensen av et gen han eller hun har sekvensert. Deretter finner databasen ett eller flere tilsvarende sekvenser for sammenligning.

En enklere måte å søke i databasen innebærer leter etter et gen nøkkelord, for eksempel navnet av genet. Myndigheter som US National Authority for Bioteknologi Information (NCBI) kan gi sekvenser forskjellige referansenummer, og en genetiker kan også søke et genom database ved hjelp av en av disse identifikatorer. Han eller hun kan også innskrenke resultatene med flere søkeparametere. Kryss-referert informasjon er en funksjon av de fleste genom databaser, og en enkelt sekvens resultat vil også gi databasebruker med nyttige linker for mer genetisk informasjon. Samt informasjon om en bestemt rekkefølge, mange databaser gir en visuell representasjon av sekvensen og av de bemerkelsesverdige funksjonene i dette området.

Forskjellige organismer kan ha spesifikke genom databaser, men noen større databaser inneholder mer enn én art. Ulike myndigheter kontrollere ulike databaser tilgjengelig, slik at databasene kan alle bruke forskjellige formater og søkemuligheter. Noen eksempler på disse myndigheter inkluderer NCBI, den europeiske Bioinformatikk Institute, eller til og med enkelte universiteter.

  • Genetikere kan bruke et genom database enten å identifisere et gen som de studerer eller for å finne ut hva genet gjør.