Hva er Gene Expression Profiling?

April 6  by Eliza

Genekspresjon profilering er en måte å måle aktivitetsnivået til tusener av gener på samme tid. Identifisere genutrykksmønster i en organisme er neste skritt etter genomet til en organisme har blitt sekvensert. Genekspresjon profilering eksperimenter utføres vanligvis på hele genomet til en organisme på en gang. Måle genuttrykk nivåer i en organisme gir et bilde av hvordan de organismâ € ™ s celler fungere i løpet av cellesyklus, eller som svar på bestemte stimuli.

Genene av en organisme kan være i en av to tilstander: slått på eller slått av. Når genet er slått på, er det å bli transkribert til mRNA, som inneholder instruksjoner for å gjøre det protein som er kodet for av genet. Når genene er skrudd på, de er sagt å være å bli uttrykt. Når et gen er slått av, er det ikke blir transkribert til mRNA og blir ikke uttrykt.

DNA av enda en encellet organisme inneholder tusener av gener, men bare en brøkdel av disse genene er slått på til enhver tid. Mønsteret av genekspresjon i en celle på et bestemt punkt i tid er referert til som dens genet profil. Ser vi på hvilke typer gener slås på i en celle kan gi store mengder vesentlig informasjon om celler og organismer.

I en genekspresjon profilering eksperiment, blir DNA mikroarray-teknologi anvendes for å oppnå en måling av den relative aktivitet av tidligere sekvenserte gener. Disse forsøk involverer typisk å måle mengder av mRNA i en styreinnstilling og i en eksperimentell innstilling, for å bestemme virkningene av en eller flere variable for genekspresjon. Ved hjelp av en kontroll er viktig fordi det etablerer baseline mRNA nivåer for normale cellulære forhold.

Ser vi på hvordan mRNA nivåer endre seg i takt på stimuli viser hvordan cellulære behov for proteiner endres som følge av nye miljøforhold. Denne informasjonen er nyttig for rene forskningsformål, men kan også være viktig i medisin. For eksempel, hvis brystkreftceller blir brukt i DNA-mikroanalyse, kan en profil viser at i kreftceller bryst en viss type reseptor er aktiv som normalt er inaktiv. Dersom reseptor er vist å være kreftspesifikke, kan det vise seg å være en effektiv medikamentmålet.

Genekspresjon profilering har faktisk vært brukt som et prognostisk mål for brystkreft. Dette er nyttig fordi kvinner på samme stadium av sykdommen kan reagere svært forskjellig på behandlingen, og har svært ulike prognoser. Ved hjelp av DNA-mikroanalyse for å bygge opp genekspresjonsprofiler har vist seg i det minste i en studie at et visst genekspresjon profil i brystkreft celler korrelerer med dårlig prognose. Denne bruken av genuttrykk profilering teknologi bidrar til å identifisere kvinner som kan ha nytte av mer aggressiv behandling.

  • DNA.