Hva er Genome Annotation?

January 15  by Eliza

Genome annotering tags deler av et genom med informasjon om den genetiske data den inneholder. Dette er en del av prosessen ved genomprosjekter, hvor målet er ikke bare å sekvensere DNA av et mål organisme, men for å forstå hva den gjør og hvordan den fungerer. Forskere kan gjennomføre merknad i sine laboratorier og dele data med andre forskere å samle ressurser og informasjon. Online databaser åpne for publikum er tilgjengelige, og noen også tillate medlemmer av allmennheten til å sende inn sine egne kommentarer.

Det første trinnet i genomet annotering er sekvensering, hvor forskere bestemme rekkefølgen av aminosyrer i en organismes DNA. Sekvense en hel genom tar lang tid, og det er vanlig for forskere å starte kommentere før genomet har blitt dekodet. Med en del av sekvens DNA i hånden, kan en forsker starte kommentere. Forskere kan merke hvor gener ser ut til å starte og stoppe, betaler oppmerksomhet til særegne strenger av DNA som inneholder informasjon om funksjonen av genomet.

Datamaskiner er i stand til å utføre noen genom annotering på egenhånd. De kan søke kjente mønstre, for eksempel strenger av aminosyrer som vises i begynnelsen og slutten av gener. I automatisert merknader, kan datamaskinen legge til notater til forskjellige deler av en streng av DNA for å gi informasjon om det. Det er også mulig å sammenligne segmenter fra forskjellige organismer for å se etter avvik som kan gi viktig informasjon om artene som helhet.

Manuell genom merknad innebærer fysisk gjennomgang av DNA. Mange forskere bruker datamaskiner til å vise informasjonen og merk det, slik at de kan skrive det inn i databaser som de jobber. I noen tilfeller kan en manuell gjennomgang være nødvendig etter automatisert merknader, for å sørge for at datamaskinen fikk den informasjonen riktig. Dette kan være en møysommelig prosess og feil kan forekomme, noe som er en av grunnene til forskere som til basseng databaser. Hvis en merknad ikke samsvarer med andre på den samme delen av DNA, kan folk vurdere informasjon for å finne ut hva som skjedde, og fikse feilen.

Det er ikke alltid mulig å finne ut hva et gen gjør i løpet av genomet annotering prosessen. Forskere kan flagge gener og skille dem fra andre komponenter av genomet som for eksempel ikke-kodende DNA som gjentas. Denne informasjonen kan brukes i forskning som folk utvikle teorier om ulike segmenter av genomet. De kan legge til kommentarer å merke funksjonen av et gen.

  • Ved sekvensering, kan medisinske forskere å identifisere rekkefølgen av aminosyrer i et genom.
  • Sekvensere hele genomet er en kompleks, langvarig prosess for forskere.
  • Genome annotering tags deler av et genom med informasjon om den genetiske data den inneholder.