Hva er microarray analyse?

July 4  by Eliza

DNA mikromatriseanalyse benyttes i molekylær biologi og diagnostisk medisin for å bestemme hvilke gener i en celle blir slått på ved et visst tidspunkt. Denne teknikken er kjent som en multipleks-analyse, fordi det kan måle tusenvis av prøver i en enkelt analyse. Mikroanalyse DNA-teknikker brukes for å tolke data fra analysene utført på RNA, så vel som DNA, avhengig av de spesielle krav av eksperimentet.

Grunnlaget for DNA mikromatriseanalyse er den høye spesifisitet av DNA-molekyler, og muligheten til å velge unike sekvenser av DNA som representerer et bestemt gen. En mikromatriseanalyse forsøket blir utført på en fast overflate er laget av et glass eller en silikonbrikke på hvilken det er lagt et kjemisk matrise. På overflaten av matrisen DNA- eller RNA-prober er stilt opp i ordnede rader.

Når brikken er satt opp med de nødvendige sonder, cellene blir studert er forberedt. For å fremstille cellene, må de bli brutt åpent slik at nukleinsyrene som de inneholder, kan isoleres. En rekke reagenser er tilsatt for å ekstrahere og konsentrere de nukleinsyrer som inneholdes i cellene. Deretter blir nukleinsyre ekstrakt tilsatt til brikken, som så igjen i flere timer for å gi tid til sondene for å kommunisere og bindes til cellulære nukleinsyrer. Endelig er en ytterligere serie av reagenser tilsatt til chip for å identifisere steder hvor cellulære nukleinsyrer er bundet til probene.

Mikromatriseanalyse blir så brukt til å bestemme hvilke prober har vært i stand til å detektere cellulære nukleinsyrer. Dette er ofte en kompleks analyse, som en enkelt brikke, kan inneholde tusenvis av unike prober. Rekkefølgen av probene på brikken er lagret i en database, slik at resultater kan oppnås lett. Ved hjelp av brikken og database, kan en vitenskaps utvikle en liste av gener som er bundet til probene og var derfor til stede i den opprinnelige celleekstrakt.

Microarray analyse teknikken er vanligvis brukes i genuttrykk profilering. I denne type forsøk er microarray satt opp for å undersøke mønstre av genekspresjon i celler. Prober for genene av interesse er inkludert på microarray, og når forsøket er ferdig, kan microarray data analyse avgjøre hvilke av genene som studeres ble slått på på et bestemt tidspunkt.

Andre bruksområder for denne teknikken inkluderer komparativ genomisk hybridisering og SNP-deteksjon. Komparativ genomisk hybridisering er en test som undersøker genomisk innhold i celler av beslektede organismer. Denne type analyse gir informasjon om de genetiske sammenhenger mellom ulike arter.

SNP deteksjon er en teknikk som kan anvendes i rettsmedisinske analyser, genetisk binding analyse og vurdering av genetiske sykdomsrisiko. SNPs er single nukleotid polymorfismer, steder på genomet hvor det er to mulige basepar-sekvenser. SNPs kan gi en rekke nyttig genetisk informasjon på grunn av det faktum at ulike SNP variasjoner i ulike etniske og geografiske populasjoner.

  • Forskere bruke DNA-mikromatriser å studere aktiviteten til flere tusen gener samtidig.
  • DNA mikromatriseanalyse brukes i molekylærbiologi og diagnostisk medisin for å avgjøre når gener i en celle er slått på.