Hva er Ribosomal RNA sekvensering?

December 23  by Eliza

Ribosomalt ribonukleinsyre (RNA) sekvensering er en prosess for å bestemme sekvensen innholdet av nukleinsyrene som utgjør ribosomet. I nesten alle celler, ribosomer er makromolekyler som bygger proteiner for å holde cellen i gang. De består av RNA og et utvalg av proteiner som hjelper RNA arbeide mer effektivt. Mye av dette materialet i et ribosom er direkte involvert i protein bygningen, så bestemme ribosomalt RNA sekvensering kan gi innsikt i den endelige strukturen av molekylet, samt hvordan det fungerer. Den generelle funksjon og struktur av RNA er godt konservert mellom forskjellige arter, men den rå sekvensen er ikke, og endringer i sekvensen kan anvendes for å utlede informasjon om ribosomet evolusjon.

Enten brukes for bakterielle ribosomer eller de av mer komplekse organismer, er ribosomale RNA-sekvensering utføres på en lignende måte. Når RNA er adskilt fra ribosomet, blir det duplisert mange ganger, og deretter knust til små fragmenter hvis sekvenser kan lett identifiseres. De små sekvens stykker blir så satt sammen for å frembringe den nylig bestemt sekvens. Oppgaven blir mer komplisert som en sekvens blir lengre, men prosessen er likevel forholdsvis lett for ribosomalt RNA, som er forholdsvis liten. Det er ingen garanti for at et første forsøk på ribosomalt RNA sekvensering vil være riktig første gang, så flere forsøk på å kontrollere datakvaliteten er vanligvis utført.

Resultatene oppnådd fra ribosomalt RNA-sekvensering av data kan brukes til en rekke formål, men en av de mest vanlige er for bakteriell identifikasjon. Bakteriell ribosomalt RNA spesielt er svært konservert mellom arter, så sekvense gjør de unike egenskapene til en art for å bli konsolidert inn i en profil for referanse. Denne profilen kan brukes til å raskt og enkelt identifisere en bestemt type bakterier, en test som kan hjelpe i diagnostisering og behandling av syke. Med bruk av bedre sekvenseringsteknologi, har denne tilnærmingen blitt mer vanlig i diagnoser.

En annen effekt ribosomalt RNA sekvensering kan ha på menneskers helse er i å hjelpe utformingen av narkotika og legemidler. Bakterielle ribosomale RNA sekvenser har mange subsekvenser som er unike for bakterier, så rettet mot disse regionene med antimikrobielle legemidler kan drepe bakterier uten å være skadelig for mennesker. Ribosomale RNA sekvense data på egen hånd gir ikke nok data til å lage medisiner, men det gir forskere regioner for å fokusere på for fremtidige studier og drug design. Medisinske molekyler kan være konstruert som feste til sekvenser og deaktivere ribosom. En rekke av dagens medisiner bruker denne teknikken til å bekjempe sykdom.

  • Ribosomer er makromolekyler som bygger proteiner.