I genetikk, Hva Er Shotgun metoden?

September 17  by Eliza

Hagle metoden brukes til å sekvensere lange tråder av en deoksyribonukleinsyre (DNA) molekyl. Den avhenger av en annen fremgangsmåte for DNA-sekvensering kalles kjedetermineringsmetoden. Med hagle metoden forskere sekvensere deler av DNA-tråd, og bruke resultatet for å skape en kontinuerlig sekvens.

Sekvensering er prosessen med å finne atom sammensetningen av et molekyl og undersøker de kjemiske bindinger som forener disse atomene. I DNA, sekvensering brukes til å finne den rekkefølge som forekommer visse molekyler. Disse molekylene kalles nukleotider. De fire nukleotidbaser er adenin, guanin, cytosin og tymin.

En måte å sekvense lange DNA-tråder er ved hjelp av hagle-metoden. I denne fremgangsmåten blir DNA brutt opp i tilfeldige fragmenter. De resulterende segmentene blir deretter sekvensert ved hjelp av en metode som kalles kjedetermineringsmetoden. Kjedeterminering er metoden for valg for korte DNA-sekvenser. Den bruker noen sterke kjemikalier og lavere mengder radioaktivitet enn andre kort sekvens metoder.

I kjedetermineringsfremgangsmåten, blir en DNA-tråd delt i fire sekvenseringsreaksjoner. Hver inneholder alle fire nukleotider og et enzym som virker som en katalysator, kalt en DNA-polymerase. En dideoksynukleotid, som er i utgangspunktet et nukleotid som mangler en del av dens sukkersekvens, blir deretter tilsatt til hver sekvenseringsreaksjon. Etter behandling av disse reaksjonene, forskere kan avbilde dem og lese DNA-sekvens.

Under hagle metode for sekvensering DNA, alt dette skjer flere ganger ved hjelp av forskjellige tilfeldige fragmenter av DNA. Dette resulterer i flere overlappende seksjoner av DNA sekvensert. Et dataprogram deretter bruker de overlappende seksjoner for å opprette en sammenhengende DNA-sekvens.

Problemet med hagle metoden er at DNA er uhyre kompliserte. Ofte inneholder det repetitive sekvenser som ser like ut, men kommer fra ulike deler av DNA. Den komplette sett med menneskelig DNA, kalles det menneskelige genom, har mer enn rundt tre milliarder basepar. Den eneste måten å være sikker på at plassering av repeterende sekvenser er riktig er å gjøre mer tilfeldige målinger, slik at hver del er sekvensert flere ganger. Ikke desto mindre, forekommer feil.

Hagle metode for sekvensering var i forkant av DNA-sekvensering før om 2005. Siden den gang har forskere skapt neste generasjons sekvensering, som fungerer mye raskere. Nøyaktigheten av individuelle avlesninger er mindre enn med hagle sekvensering, men forskerne er kompensert for dette ved å være i stand til å gjøre flere målinger på kortere tid.

  • Hagle metoden har i stor grad blitt erstattet av andre typer sekvensering som er mindre nøyaktig, men langt raskere.
  • Forskere sekvensere deler av en DNA-tråd i haglemetoden.
  • Shotgun-sekvensering er nå den foretrukne metode for mange typer av genom-sekvensering.